Головченський монастир був заснований невідомими пустельниками, які знайшли собі притулок у цих безлюдяних місцях. Ченці викопали собі землянки, звели дерев’яну церкву, а згодом заснували монастир. Вперше Головченський Спасо-Преображенський монастир згадується у 1540 році.
Хоча перші пустельники й обрали для свого поселення затишне місце, життя обителі не було спокійним і легким. У першій половині 18 століття, як і більшість Подільських монастирів, Головченський монастир був силоміць перетворений на уніатський. Але вже у 90-х роках того ж століття, коли древня земля Києво-Галицьких князів Подолія вийшла з під влади Польщі, протягом 2 років усі віруючі, храми і монастирі (в тому числі і Головченський) повернулися від унії до Православної Церкви.
Нищівної руйнації святиня зазнала за часів радянської богоборчої влади. Мало чого збереглося, але віруючим вдалося зберегти головні святині обителі.
Серед збереженого також місцевошанована Казанська ікона Божої Матері та Святе Розп’яття, яке було виготовлено на Святій Горі Афон у Іллінському скиту Пантелеімонівського монастиря. Про це свідчить напис.
Як свідчать місцеві жителі, вперше обитель було закрито після смерті Леніна у 20-х роках ХХ століття. Його використовували як дитячий притулок, інтернат, а потім і як спеціальну школу для дітей з розумовими та фізичними вадами. Монастирський цвинтар стерли з лиця землі за допомогою бульдозерів та перетворили на спортивний майданчик.
На короткий час монастир відкрили під час Великої вітчизняної війни, але потім закрили знову. Ченці мусили жити по людях, переховуватися та таємно звершувати богослужіння. Таємно приходили до колишніх насельників за благодаттю таїнств, благословенням та духовною порадою і місцеві жителі.
Відроджувати святиню почали на початку 90-х років ХХ століття як парафіяльну церкву. Чернече
життя у обителі відродилося за благословенням Священного Синоду Української Православної Церкви влітку 1996 року. Сьогодні у обителі майже 30 сестер. Відбудовано, вкрито куполом та розписано кам’яний Спасо-Преображенський храм обителі. У відремонтованому чернечому корпусі облаштовано домову церкву на честь преподобного Онуфрія Великого. Поступово повертаються інші корпуси, які доводиться піднімати з руїн. На жаль, значну частину території обителі і сьогодні займає школа-інтернат, керівництво якого замість того, щоб разом з черницями виховувати дітей, навіть заборонило їм відвідувати монастир. |